那还是人与非人的世界未曾分开的时代。 从亨德里克森与德雷弗斯两大圣骑士长的支配下夺回王国的“七大罪”以及伊丽莎白、霍克。王国诞生祭也平安结束，和平终于造访了里欧...

那还是人与非人的世界未曾分开的远古故事。

真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，